環境が変わったので、cygwinを入れなおした。バージョンは、適当にほぼ最新をダウンロード。無事完了し、数週間が経過。
で、今日、gzip（バージョン1.3.5）で作成したアーカイブを解凍しようとしたら、「フォーマットがオカシイ」とか「書庫が壊れとる」とか言われる。cygwin上では、普段はtar+gzipで以下のようにする。
tar cf - *.txt src/ | gzip -9 > src.tgz
なぜか分からず、改行文字の問題とかバージョンが合わないとか、いろいろ調べたが詳細は分からなかったので、とりあえず安定していたときのバージョン（1.3.3）に戻したら直った。
バージョンの詳細は以下のとおり。
WindowsXP SP2 CYGWIN_NT-5.0 1.5.18 gzip 1.3.3-4 (2002-03-08) gzip 1.3.5-1 (2002-09-30)