MacOSXでJavaのGUIアプリケーションを起動すると、デフォルトでは
- Dockアプリケーション名がmainクラスのFQCN
- アイコンはデフォルト(Javaのドキュメント?)
になります。
これを変えたい場合は、-Xdockパラメータを使います。
$ java -Xdock:name="Stew" -Xdock:icon=stew.icns -jar stew.jar
なお、アイコンファイルは、Mac用のicns形式だけでなく、Windows用のico形式も使えます。互換性の詳細は調べていませんが、少なくともXP用のアイコンは使えると思います。
参考
Dockという名称が示す概念が未だ理解できていないので検索に手間取ってしまいました。